Kościół pod wezwaniem św. Małgorzaty istniał już przed rokiem 1231, wzniesiony prawdopodobnie przez biskupa poznańskiego Pawła, który osadził przy nim sprowadzonych wówczas do Poznania dominikanów. Po przeniesieniu zakonu na lewy brzeg Warty – około 1244 kościół został parafialnym. Oprócz kilku drobnych wzmianek, o losach kościoła – przez czterysta lat – nic nie wiemy.
W roku 1658 budynek kościelny został naprawiony przez ówczesnego proboszcza ks. Stanisława Grudowicza, który wstąpiwszy do Zgromadzenia Oratorianów zwanych od imienia ich założyciela św. Filipa Nereusza filipianami, zaprowadził za zgodą biskupa Stefana Wierzbickiego Zgromadzenie to przy swym kościele. Księża filipini postawili przy swym kościele klasztor, początkowo drewniany, później w XVIII wieku murowany, ozdobiony pilastrami.
Kościół w roku 1805 – po zniesieniu Zgromadzenia z powodu braku członków – został wcielony do parafii archikatedralnej jako pomocniczy.
W czasie ostatniej wojny kościół był zamknięty i służył jako magazyn książek. W latach 1496/47 przeprowadzono w nim częściowy remont i odmalowano wnętrze.
Liczne przebudowy w XVII i XVIII wieku nie zdołały zatrzeć gotyckiego charakteru kościoła jest to budowla murowana, jednonawowa z prezbiterium trójbocznie zamkniętym, z dwiema kaplicami od strony północnej i południowej, z wieżą (częściowo tylko zachowaną), z obszerną zakrystią od strony północnej.
Szczyt od strony wschodniej jest schodkowy i ozdobiony wnękami. Szczyty obu kaplic – późnorenesansowe. W szkarpie przy głównym wejściu została w roku 1726 wmurowana tablica z szarego piaskowca, poświęcona pamięci ks. Wojciecha Reutha, zmarłego w roku 1710 miejscowego proboszcza.
W kruchcie kościoła widzimy dwa profilowane portale, arkady o romańsko-gotyckich formach z XIII wieku i portal z profilowanej cegły, już gotycki z wieku XV – odkryte w roku 1946 w niszy znajduje się duży krucyfiks.
Kościół zachował swe dawne, ładne w rysunku, sklepienie gwiaździste, odnowione po wojnie.
W głównym ołtarzu (wiek XVIII) znajdziemy kopię zabytkowego obrazu z I połowy XVIII wieku „Matka Boska z Dzieciątkiem Jezus”, zasłoniętą obrazem przedstawiającym Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny.
Na ścianie północnej prezbiterium wisi obraz z około 1600 roku „Matka Boska z Dzieciątkiem – na półksiężycu”. W zakrystii znajduje się duży portret ks. Stanisława Grudowicza i sześć portretów trumiennych, malowanych na blasze w XVII i XVII wieku.
Ambona i chrzcielnica – obie ze sztucznego marmuru – pochodzą z XVIII wieku. Boczne ołtarze są nowe i utrzymane w stylu barokowym.
W kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego wisi zabytkowy obraz z około 1630 roku, pochodzący jak i obraz „Matki Boskiej na półksiężycu” z warsztatu nieznanego poznańskiego malarza, a przedstawiający „Matkę Boską z Dzieciątkiem w otoczeniu Aniołów”, grających na rozmaitego rodzaju instrumentach muzycznych.
W kaplicy św. Filipa Nereusza w barokowym ołtarzu znajduje się gipsowa płaskorzeźba św. Filipa z XVIII wieku, a na ścianie obok wisi obraz „Chrystus Ubiczowany” z I połowy XVIII wieku. Pod chórem możemy obejrzeć resztkę, mocno zatartą starych fresków, a na ścianie północnej – opodal – skromny nagrobek zmarłego w roku 1653 proboszcza ks. Jana Buszkowskiego